近2周出现腹痛，B超提示巧克力囊肿，大约3.5×3.0左右.

问题分析： 巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，是子宫内膜异位到卵巢上形成的，单纯剔除术后复发率是非常高的，所以术后也要治疗，预防复发。
中医治疗调理是比较高的，小的巧克力囊肿中医治疗是最好的，中医有一种百通疗法可以使巧克力囊肿缩小甚至消失，而且可以改善体内环境降低复发。祝您健康！

问题分析： 你好，你有巧克力囊肿，多次复发，导致盆腔炎症积液、腹痛情况，现在又复发，如果平时痛经继发性进行性加重的，影响生活可考虑手术切除多可根治。
一般巧克力囊肿切除后多不会复发，你的情况是可以考虑手术根治。