问题分析：关于您提到的宝宝头骨凹陷的问题，首先请您不用过于担心。根据我的临床经验，这种情况通常是由于新生儿囟门尚未完全闭合所引起。
人体 skull 有两个囟门，一个是后囟门，一般在宝宝4到8周之间逐渐闭合；另一个是前囟门，在1岁至1岁半之间闭合。
对于三个月大的宝宝来说，头骨还在发育阶段，轻微的凹陷通常是正常的生理现象。
建议从半个月开始给宝宝补充鱼肝油，3个月后则需要开始补钙。鱼肝油中的维生素D有助于骨骼的形成和钙质的吸收，而钙元素则是构成骨骼的重要成分。
如果发现宝宝囟门闭合过早或者有其他异常情况，请及时就医检查，以确保宝宝的健康发育。
希望我的解答能够帮助到您，如有其他疑问，欢迎随时咨询。
