问题分析：大牙根部牙龈肿痛可能是以下一些问题所致：
1.牙周病：牙周病是牙齿周围组织的感染和炎症，常引起牙龈肿痛、红肿和出血。当牙菌斑（牙菌斑是口腔中的细菌聚集物）在牙齿和龈缘沉积时，会引发炎症反应。若不及时治疗，可能导致进一步的牙周破坏。
2.牙髓炎：牙髓炎是牙齿内部的组织感染、炎症引起的问题。牙齿根部的牙髓感染可能导致牙龈肿痛和牙痛。
3.牙齿感染或腐蚀：如果牙齿有龋齿或破损，细菌可能侵入牙齿组织，引起感染和炎症。这可能导致牙龈周围肿痛。
4.牙槽骨感染：牙槽骨感染可能引起牙龈肿痛和炎症。这种感染可能由深度龋齿、牙周病或其他口腔感染引发。
