问题分析：3岁宝宝的身高只有90厘米，明显偏低，接近于矮小症的标准。
导致儿童身材矮小的原因可能有以下几点：
1.遗传因素-如果父母身材较矮，基因决定了孩子也会比较矮小。
2.营养不良-日常饮食中缺乏蛋白质、维生素、矿物质等营养物质，影响骨骼发育和激素正常分泌。
3.吸收不良-消化系统功能欠佳，无法充分吸收营养。
4.激素分泌失调-如生长激素分泌不足。
5.基因缺陷-某些基因突变也可能影响身高。
建议家长带宝宝去医院做全面检查，明确病因；同时注意饮食营养的补充，适量服用维生素、钙制剂等，促进骨骼发育；适当增加户外活动，睡眠时间，刺激激素正常分泌。如果病因不明确，也可以考虑进行基因检测。医生会因症制宜给出进一步治疗方案。
