问题分析:生殖器疱疹主要是出现在生殖器处,那么阴囊有两个小水疱有点疼会不会是生殖器疱疹呢?这是不一定的。如果患者性生活不洁或者是有多个性伴侣,便可能使生殖器部位受到疱疹病毒感染,引发生殖器疱疹,就可能导致阴囊有两个小水疱有点疼,患者可以在医生的指导下使用阿昔洛韦乳膏、盐酸伐昔洛韦胶囊、泛昔洛韦片等药物进行缓解。但是如果平时患者平时个人清洁卫生护理不当,如没有经常更换内裤,便可能使阴囊部位受到细菌感染,也可能造成该现象。为了明确阴囊有两个小水疱有点疼会不会是生殖器疱疹,患者可及时就医了解。