问题分析:三个月的宝宝阴茎短小,考虑是先天发育不良引起的情况,可以去医院进行检查。再者宝宝没有完全发育成熟,多给孩子补充营养,促进宝宝的生长发育。也可以十二三岁在去医院进行检查,方便医生了解阴茎的发展情况。