问题分析:你好,男性十二岁性发育尚是刚刚开始,遗精的精液透明和阴茎短小的情况,并非是异常问题。而目前尿道疼痛的情况要进一步分析,若有包皮过长或包茎的,则可能是包皮垢影响到龟头炎的原因,否则要考虑有尿道炎可能。建议你结合自身实际分析,必要时到相关医院泌尿科就医诊治。祝健康顺利!