问题分析：您好，作为一名医生，我非常理解您现在的焦虑。宝宝三个月大，咳嗽、有痰且伴有干呕，持续一个月确实让人非常揪心。针对您的疑问，我为您做以下详细分析。
首先，关于您询问的“气管炎还是喉软骨发育不全”，这通常不是非此即彼的选择题，而更可能是两种情况并存。三个月大的宝宝喉部软骨发育不全是正常现象，但单纯发育不全通常不会导致持续一个月的咳嗽和痰多。结合您描述的症状，宝宝更像是患有“急性支气管炎”，而喉软骨发育不全可能只是伴随的生理特点。气管炎会导致气道分泌物增多，从而引发咳嗽和痰鸣音，当痰液刺激咽喉或引起反射时，就会出现干呕和吐奶。
其次，支原体肺炎检查阴性排除了支原体感染，但无法完全排除细菌、病毒感染或过敏因素。既然常规用药效果不佳且症状加重，说明目前的诊断可能不够全面，或者治疗方案需要调整。
我的建议是：请务必带宝宝前往医院进行胸部X光或CT检查，以明确肺部是否有实变、肺气肿或炎症残留。同时，医生可能会根据痰液情况调整抗生素方案。家庭护理方面，要注意拍背排痰，保持室内湿度，喂奶时注意体位，避免呛奶。请务必重视，不要自行停药或换药。