对于诊断不明确者，可进一步鉴别肺结核、支气管结核、肺癌。通过纤维支气管镜刷检、活检。可以显著提高肺结核的诊断的。支气管镜主要应用于明确肺部肿块性质。寻找可以和阳性痰细胞的起源。对于顽固性咳嗽可以做纤维支气管镜检查明确病因。辅助诊断不明原因的喘鸣。诊断咯血及痰中带血病可进行镜下局部治疗。

任何侵入性的检查都是有风险的，但有时为了明确诊断，进行侵入性的检查是有必要的，支气管镜好处在于它可以活检，取一点气管的细胞出来，在显微镜下看到底有什么病，这样就可以确诊，所以危害不大的。

中央型肺癌可以通过支气管镜确诊，周围型肺癌需要通过超声支气管镜，如附有电磁导航的支气管镜取活检进行病理诊断。通过支气管镜还能检查的疾病包括肺部感染患者、支气管内膜结核患者、异物误吸患者、气管狭窄患者等。

气管镜活检不一定能确诊肺癌，肺癌是常见的呼吸系统恶性肿瘤，该病在早期的时候可没有任何症状，随着肿瘤的进展可出现咳嗽，咳痰以及痰中带血，也可同时伴随胸闷胸痛以及呼吸困难等症状，肺癌确诊需有明确的病理学检查依据，其中支气管镜是检查的方式之一。

气管镜既可以用来治疗疾病，也可以用来诊断。如果是大叶性肺炎，就是肺炎实变面积大，或者支气管扩张反复咳浓痰需要做气管镜灌洗肺泡，吸出肺泡及气管中的痰液；支气管异物时需要镜下取异物。

气管镜是在气管内经行操作的检查和治疗。要从病人鼻腔注入麻醉药物，减少检查时痛苦。将气管镜经鼻腔植入插入气管内，气管镜影响光源设备，观察气管内是否有病变，抽吸痰液缓解病人呼吸困难。

原因不明的气管支气管和肺部的症状，如咯血，持续性严重咳嗽、喘鸣，肺不张，支气管堵塞性疾病，怀疑气管，支气管癌等得做气管镜。摘除下呼吸道良性肿瘤，或做活体组织检查都需要做气管镜。

通常，由于肾炎综合征、肾小球肾炎、急性肾炎综合征和原发性肾病综合征等原因，需要肾活检。主要目的是确定疾病的原因，并进一步确认具体的疾病。手术后，多喝水，卧床休息，减少身体活动，避免造成伤口。

出现支气管肺炎，肺气不张就需要做支气管镜检查，支气管镜检查也是一种常用的检查手段，如果长时间咳嗽，也需要做一个支气管镜检查，看检查结果吃一些药物来进行调理。