肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。

口腔囊肿以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。

一般数量不多的小的纳氏囊肿不需要特殊治疗，主要积极的治疗原发疾病，可以定期复诊。在合并有感染的时进行抗炎治疗。数量较多的或者体积较大的纳氏囊肿，可以通过激光、微波等物理治疗方法。

对腱鞘囊肿多数不会造成明显症状，无需特别处理，主动多加注意休息即可，切忌重复推拿按摩局部。
若腱鞘囊肿渐大，局部有疼痛表现，甚至有血管神经性压迫，需积极手术。由于肌腱囊性增生是一种自身免疫性疾病，因此不能单纯用药物来控制病情发展，应及时到医院就诊检查确诊后再选择适当的方法治疗。
日常生活中加强对身体各部位的护理工作，预防和缓解因外伤等原因造成的损伤。生活上要养成良好的生活习惯，早睡早起，保证充足的睡眠时间。

腱鞘囊肿可伴有长期劳损、感染等，伤害和其他原因之间存在某种联系。患者一般会出现一侧或者双侧疼痛的症状，也有一部分是单侧疼痛。以病部圆形肿块为主，有些酸疼。随着人们生活水平不断提高，越来越多的人患有不同程度的腱鞘炎症状。对腱鞘囊肿有非手术治疗与手术治疗两种。非手术治疗就是用药物或者是针灸来进行治疗。保守治疗是用挤压的方法将腱鞘囊肿击碎，接着，泡液就渐渐地自己吸收了，但也存在一定复发机会。手术疗法是对已经发生了病变的患者进行彻底的破坏。操作方法是可摘除腱鞘囊肿，手术后注意防护，避免反复发作。

膀胱囊肿的治疗在临床上常采取微创手术，需要在硬膜外麻醉下，做一个经尿道的膀胱囊肿电切手术，术后需要留置三腔导尿管给予膀胱冲洗，还要应用抗生素来预防感染，一周之后就可以拔出尿管出院了。膀胱囊肿又称为输卵管囊肿，主要是因为输尿管末端的囊性扩张引起来的，因为输尿管末端开口在膀胱，所以有时候称之为膀胱囊肿。

宫颈的上皮细胞，随着体内的雌激素水平的高低会出现变化，宫颈纳氏囊肿不会影响怀孕。如果宫颈囊肿比较大或多发，或引起白带异常的症状，需要进行治疗。可以做微波、利普刀、冷冻、激光等物理治疗，在月经干净后三到七天可以做治疗，治疗以后一个月内不要性生活，治疗后要注意复查。

咽喉部有囊肿需要尽快进行手术治疗。咽喉部囊肿最常见的就是会厌囊肿以及声带囊肿，会厌囊肿常发生在会厌舌面以及会厌谷处，检查时可见会厌舌面以及会厌谷表面光滑、淡白色的异常新生物。囊肿较小时可能没有任何不良主诉，如果囊肿持续性增大，就会出现咽喉部异物感以及会厌抬举功能下降，引起吃饭时呛咳。在治疗上可以行支撑喉镜下会厌囊肿摘除术，手术需要住院，大约一周就可以痊愈出院。

精囊囊肿如果比较小，症状比较轻可以选择保守治疗为主，可以定期地按摩定期随访，如果囊肿大于2.5厘米，症状比较明显，可以考虑手术治疗，可以选择经会阴引流囊肿，另外也可以选择微创手术。