治疗的方法有肾囊肿的穿刺硬化治疗，有在腹腔镜下的肾囊肿去顶减压术及开放手术等方法。首先要根据肾囊肿的大小及病人的年龄、身体状况、患者的意愿来选择治疗方法。肾囊肿的直径大于40mm以上，可以考虑治疗了。

肾囊肿的中医治疗方法有采用药物的方法治疗肾囊肿，还经常运用针刺的方法。采用具有清热解毒，活血效果的药物，每次3～4穴，依据证之虚实而采用补泻手法，留针20～30分钟，或用灸法，2组穴位交替进行。

可以做手术进行治疗，肾囊肿是泌尿外科比较常见的疾病之一，其发病原因不十分明确，多为单发，绝大多数属于肾的良性肿瘤。有个别的囊肿内分隔或边缘钙化不除外囊性癌变。

囊肿的治疗方法主要有肾囊肿穿刺硬化术:主要是对于内生性肾囊肿，外凸不明显的，另外对于全身情况较差无法耐受手术治疗的。囊肿穿刺硬化术多在超声或CT引导下进行，穿刺针进入囊腔后抽出淡黄色囊液。

肾囊肿穿刺硬化术，主要是对于内生性肾囊肿，外凸不明显的患者，另外对于全身情况较差无法耐受手术治疗的患者。囊肿穿刺硬化术多在超声或CT引导下进行，穿刺针进入囊腔后抽出淡黄色囊液，抽吸干净后注入无水乙醇5-20ml，对于酒精严重过敏者禁忌。还可以做腹腔镜肾囊肿去顶术，适合囊肿体积较大，外凸明显，无手术禁忌的患者。

随访观察：小囊肿可观察，无需处理，定期复查即可；B超下穿刺吸液：在超声引导下穿刺吸液，有一定的效果，但此方法易复发，且再次手术时可能发生粘连；腹腔镜肾囊肿去顶术：为常用方法，把整个囊肿的囊皮去掉，复发率低。

无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿大于5cm且有压迫症状了，建议早期手术治疗(囊肿去顶减压术)是最好的治疗方法。手术治疗通常采用囊肿去顶减压术。此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。手术成功的关键是尽可能早施行手术，囊肿减压必须彻底，不放弃小囊肿和深层囊肿的减压。

无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿有压迫症状了，建议早期手术治疗是最好的治疗方法。手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害。

肾囊肿通常海绵肾无需进行治疗，多囊肾会演变为尿毒症，无较好的治疗方法。如果出现多发囊肿或普通囊肿，在排除肾癌的前提下，如果囊肿超过5cm，可以进行手术治疗，比如使用腹腔镜进行治疗，不会复发，预后较好，如果囊肿小于5cm，做手术可能会导致出血，不进行手术治疗。