肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。

一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。

腱鞘囊肿可伴有长期劳损、感染等，伤害和其他原因之间存在某种联系。患者一般会出现一侧或者双侧疼痛的症状，也有一部分是单侧疼痛。以病部圆形肿块为主，有些酸疼。随着人们生活水平不断提高，越来越多的人患有不同程度的腱鞘炎症状。对腱鞘囊肿有非手术治疗与手术治疗两种。非手术治疗就是用药物或者是针灸来进行治疗。保守治疗是用挤压的方法将腱鞘囊肿击碎，接着，泡液就渐渐地自己吸收了，但也存在一定复发机会。手术疗法是对已经发生了病变的患者进行彻底的破坏。操作方法是可摘除腱鞘囊肿，手术后注意防护，避免反复发作。

膀胱囊肿的治疗在临床上常采取微创手术，需要在硬膜外麻醉下，做一个经尿道的膀胱囊肿电切手术，术后需要留置三腔导尿管给予膀胱冲洗，还要应用抗生素来预防感染，一周之后就可以拔出尿管出院了。膀胱囊肿又称为输卵管囊肿，主要是因为输尿管末端的囊性扩张引起来的，因为输尿管末端开口在膀胱，所以有时候称之为膀胱囊肿。

如果囊肿非常小，没有引起临床症状，尤其是没有垂体激素水平下降的症状，一般不需要进行治疗，但一定要注意密切随访，定期复查。主要是根据囊肿的大小和临床症状，进行针对性治疗。

垂体囊肿可以通过手术去除，可以开颅手术采用额下外侧入路，另外一个是经鼻蝶手术，也就是通过鼻内镜手术。前者的手术创伤大，后者的创伤小一些。当然，囊肿是良性的病变，如果现在囊肿很小，没有影响垂体功能，是没有必要做手术的，这不会有什么特别的影响。只有囊肿非常巨大，对于垂体和视神经造成压迫出现明显症状的，才有必要做手术处理。

肛肠囊肿就是平时说的肛周脓肿，它主要是因为肛腺感染沿着直肠或者肛管蔓延。肛周脓肿的治疗早期切开引流，这是控制感染的关键。如果症状不是特别明显，脓肿形成不是特别彻底，也可以采取非手术治疗。

宫颈囊肿大多数都是由于宫颈慢性炎症，使宫颈表面腺体阻塞引起，因为女性阴道与外界环境相通，每个月要来月经，还要参与性生活，就容易细菌病毒感染。对于宫颈囊肿的治疗，如果是单发的小囊肿，宫颈表面光滑，宫颈脱落细胞学检查无异常，可以随诊观察，也可以阴道上相关药物治疗；如果是多发那氏囊肿，可以选择消融术治疗，或者是利普刀治疗。

宫颈的上皮细胞，随着体内的雌激素水平的高低会出现变化，宫颈纳氏囊肿不会影响怀孕。如果宫颈囊肿比较大或多发，或引起白带异常的症状，需要进行治疗。可以做微波、利普刀、冷冻、激光等物理治疗，在月经干净后三到七天可以做治疗，治疗以后一个月内不要性生活，治疗后要注意复查。