脑炎后遗症头疼可以针对性的应用一些止痛的药物进行治疗。
脑炎可能会出现一些后遗症，比如对药物反应性不好，或者没有进行积极的药物治疗，尤其是如果感染的症状非常重，颅内的病灶比较广泛，又是累积了一些关键部位的病变，比如脑干的病变。如果不是因为颅内压增高或者排除了一些脑出血，只是单纯的功能性头疼的话，可以用一些去痛的药物。
建议：给予营养神经、脱水，预防癫痫治疗。

应该去医院做脑血流图进行检查，主要是看脑部血管有没有痉挛或者狭窄的情况出现，那样就会影响脑部的血液循环，就会出现这样的症状。这情况临床都会采用活血化瘀，扩张血管，促进血液循环的方法进行治疗。