一般情况下，生理性卵巢囊肿可以采用以下方式来去除：
患有生理性卵巢囊肿，没有出现明显的不适症状，可以暂时不治疗，进行临床观察。生理性囊肿一般会自己消失。患有生理性卵巢囊肿，如果囊肿很大，有腹胀、腹部疼痛等症状，可以进行穿刺。生理性卵巢囊肿如果在短期内增加的幅度很大，可以进行手术来切除。患者可以根据自身的实际情况，选择适合自己的治疗方式。

一般情况下，生理性的卵巢囊肿是由于女性在月经周期中出现了卵泡的发育过度，或是由于黄体的生长太大而导致的，具体分析如下：
正常来说，这个生理上的囊肿在一星期内就会自行消退。女性来月经后要做常规检查，一般不需要做特别的治疗。而病理性囊肿在经期过后会一直存在，不会自行消退。女性经期过后做B超检查，可以明确诊断为生理性卵巢囊肿。

较多见的生理性卵巢囊肿是月经周期中正常的卵泡持续生长，这种囊肿通常不会引发健康问题，也很少导致身体疼痛不适，一般在2~3个月经周期会自行消失，不需要进行治疗。如果反复出现生理性卵巢囊肿，女性患者就要及时去医院做性激素六项检查，同时也要改善自己的生活方式，改善饮食习惯，避免吃辛辣刺激性食物，避免吃富含激素的食物。

生理性的卵巢囊肿直径不会超过5厘米。直径小于4厘米的生理性卵巢囊肿都可以不用治疗，病人只要做好定期的检查观察就行。超过4厘米就要手术切除了，应该观察一段时间。看消失还是增大。

卵巢囊肿小于五公分属于生理期的。如果在排卵期或者月经要来之前会有生理性囊肿，大小在2厘米左右，过了排卵期，或者月经干净以后会消失。如果卵巢囊肿小于5厘米，相关检查指标正常，可以运用中药清热利湿。

卵巢囊肿一般在5cm以内通过服用药物采取保守治疗；在5cm以上一般医生会建议手术治疗。卵巢囊肿不及时治疗，否则可引起内分泌失调、下腹疼痛水肿；如果怀孕容易引发流产；严重者可以导致不孕等情况发生。

卵巢囊肿分为生理性和纯囊性，一般小于5cm的囊肿考虑为生理性的，每3个月复查B超就可以了，而且大部分会自行缩小或消失，但也可能在另一侧卵巢或同侧卵巢在长出来。卵巢囊肿大于五厘米，可以考虑手术，但并不是说到五厘米了，必须通过手术来治疗，也可以先吃药，而且有的人没有症状，观察就行，或者做一个标志物的检查，检查结果都是正常的，说明没有发生癌变，暂时就不用考虑手术。如果短时间内有明显的增大，再考虑手术就可以了。

卵巢囊肿是一种良性的病变，如果把他脑子的体积不大，比如在5公分之内，还有自限性，对怀孕影响不大。对于伴有月经不调的应积极调理月经，往往会发生一些不良的后果，像腹痛、扭转、感染，还有极个别的发生恶变，会因为对内分泌和排卵的影响而导致不孕。

临床上卵巢囊肿，包括生理性囊肿和病理性囊肿，如果卵巢囊肿生理性，多见于排卵期的育龄妇女，囊肿的直径通常是比较小的，而且若患者一般没有出现腹痛、阴道流血等异常症状，大多数情况下，可考虑为良性的表现，通常在在月经停止之后，生理性囊肿会自动消失。因此建议患者不用担心，平时应该多注意阴道的清洁卫生，减少对卵巢的损害。