腹腔镜手术是本病的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。

确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。

巧克力囊肿对于女性身体的健康影响还是非常大的，如果不够重视疾病的治疗，很容易影响到身心健康，到医院进行相关的检查，如果症状轻微，可以通过药物缓解症状，进行腹腔镜手术的方式治疗较好。

现在临床针对此种疾病，多采取治疗，即直接手术治疗。根据目前的年龄、病情、生育需求等，可以采取保守治疗，比如使用药物治疗，但是容易反复复发。孕龄妇女采取药物治疗，可以保留卵巢功能，待生育后，再考虑进行手术治疗。到正规医院系统治疗。

伴随有巧克力囊肿，同时怀孕的情况下，怀孕对这种巧克力囊肿有抑制卵巢囊肿增大的趋势的可能性。所以如果想要继续保留这种胚胎，在怀孕期间记住要定期复查B超，来了解卵巢巧克力囊肿的情况。

巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上形成的，对怀孕有影响。如果引起了月经不调等症状需要手术治疗。巧克力囊肿主要是由于卵巢功能异常，内分泌失调而导致，现在月经期时间长，颜色发黑，需考虑存在了月经不调。

巧克力囊肿是子宫内膜移位至卵巢，影响卵细胞发育而发生不育症。治疗的原则是消除焦点、减轻疼痛、促进生育、减少复发。卵巢囊肿是相对较大的，可以超导介入治疗卵巢囊肿。达到治疗疾病和根源。

卵巢巧克力囊肿属于盆腔子宫内膜异位症一种，有复发的风险。手术过程当中，不可能将微小的病灶全部去除，因此部分女性在术后囊肿复发。如果囊肿持续增大，需要手术治疗，配合一些药物使用。

对巧克力囊肿手术之后，在临床上复发率是非常高的，一旦出现复发的情况，建议结合临床症状综合性的分析，再给予处理。如果是复发的囊肿不大，可以采用激素抑制子宫内膜的生长。