巧克力囊肿的治疗方法是腹腔镜剥除术。注意休息和个人卫生，忌烟酒辛辣凉性食物，热敷疼痛部位，用些排瘀消瘤的药物保守治疗观察，定期复查，可采用药物、手术治疗（保守性）。迄今为止，除性手术外，尚无一种理想的方法。

卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。其中，卵巢巧克力囊肿又占80％左右。卵巢巧克力囊肿病变可只累及一侧卵巢，但约有50％以上的病人会累及双侧卵巢。随着病情的发展，病人可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调、不孕和性交痛等病症。

通常情况下，卵巢巧克力囊肿的治疗方法有保守治疗、手术治疗等。具体情况分析如下：
保守治疗：卵巢巧克力囊肿是一种由于子宫内膜异位引起的疾病，如果症状比较轻，可以通过高效孕激素周期治疗、假孕疗法、假绝经疗法等保守方法进行治疗。
手术治疗：如果症状比较严重，保守治疗无效，可以通过手术尽量切除病灶；如果没有生育要求，可以直接切除子宫。

术后注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，手术后注意增加蛋白质的摄入量。蛋白质可以帮助伤口快速好，可以增加体力。选择鱼类，鱼肉比较容易消化和吸收。注意休息，禁食辛辣生冷刺激东西，适当活动，增强身体抵抗力。

小腹不适，小腹疼痛，有一个坚实而无痛的肿快；白带异常，色黄异味；月经失常；有时性生活会疼痛，进行手术治疗和药物治疗，治疗以后再进行备孕。可以选择腹腔镜等微创疗法进行治疗。

巧克力囊肿的治疗方法可采用药物或手术治疗。除了手术外，尚无一种理想的方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病的处理方法。饮食要多注意一点，不要吃辛辣食物。

若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，就采用手术治疗，传统手术是采用卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。

可以进行腹腔镜下卵巢囊肿剔除术，保留卵巢，不会对以后的生育有影响。若病理检查确诊为巧克力囊肿，术后须继续服用药物半年，预防复发。停药后尽早准备怀孕，妊娠对子宫内膜异位症有积极的治疗意义。

巧克力囊肿是由于子宫内膜异位造成的，多有人流史或者剖宫产史，没有性生活的女性也有可能是经血逆流造成的。可引起进行性痛经和不孕，治疗主要是手术剔除，术后容易复发。