一般情况下，生理性卵巢囊肿可以采用以下方式来去除：
患有生理性卵巢囊肿，没有出现明显的不适症状，可以暂时不治疗，进行临床观察。生理性囊肿一般会自己消失。患有生理性卵巢囊肿，如果囊肿很大，有腹胀、腹部疼痛等症状，可以进行穿刺。生理性卵巢囊肿如果在短期内增加的幅度很大，可以进行手术来切除。患者可以根据自身的实际情况，选择适合自己的治疗方式。

一般情况下，生理性的卵巢囊肿是由于女性在月经周期中出现了卵泡的发育过度，或是由于黄体的生长太大而导致的，具体分析如下：
正常来说，这个生理上的囊肿在一星期内就会自行消退。女性来月经后要做常规检查，一般不需要做特别的治疗。而病理性囊肿在经期过后会一直存在，不会自行消退。女性经期过后做B超检查，可以明确诊断为生理性卵巢囊肿。

良性卵巢肿瘤，要切除患侧卵巢肿瘤，手术时一定要检查对侧的卵巢情况，如果对侧也有肿瘤则必须切除，同时做病理检查.但术后易复发.恶性肿瘤者：手术是首选方法，其手术范围要广，一般都切除全子宫，双附件加大网膜.手术后还须进行化疗、放疗。

卵巢囊肿的体积在3.0厘米以内的一般多考虑是生理性囊肿，体积在3.0厘米及以上时应该都是病理性的，生理性囊肿有可能自行消失，病理性的则需要适当的治疗，病理性囊肿的临床症状因人而异，有可能完全没有症状，也有可能出现腹痛，腹胀，月经失调等。因为卵巢囊肿经过治疗还是都是可以痊愈的。

卵巢生理性囊肿时，大多没有明显的自觉症状，只是在查体时偶尔发现。病理性囊肿症状主要依据肿瘤的大小、肿瘤的部位，以及是否伴有其他内分泌方面的改变。有部可能没有明显的自觉症状，而部分则表现为下腹坠胀不适、下腹痛、月经异常、阴道流血淋漓不断、痛经。

病理性卵巢囊肿是女性常见的疾病，通常和激素水平或者炎症有关系。卵巢囊肿在临床上症状多表现有小腹疼痛、小腹不适、白带增多、白带色黄、白带异味、月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿块。

卵巢囊肿一般体积大于四五公分以上，同时伴有疼痛，腰酸，肚子坠胀不舒服的情况应该手术。目前卵巢囊肿的手术分为两种方式，一种是开腹传统的手术，还有一种是目前需要腹腔镜下做的，相对来说腹腔镜属于微创，是不需要开刀，只需要在肚子上打几个小眼就可以做了。

如果恶性肿瘤一般不会缩小，只会越长越大的。如果囊肿透声比较差，或者是囊实性的肿物，或者是肿瘤标志物数值偏高的情况下，是要选择手术治疗的，因为这就不是单纯的囊肿了。

病理性的囊肿一般指的是囊肿体积超过5公分以上，或者近期囊肿速度生长较快。伴有月经不调的，首先需要通过药物恢复月经，一般月经结束之后囊肿的大小会有明显改善，对于特别大的囊肿，需要根据情况进行手术治疗，以免发生囊肿破裂。