巧克力囊肿主要是指，子宫内膜的间质或者腺体异位到卵巢，异位的子宫内膜在月经期也可以出现剥脱出血，从而形成巧克力囊肿。要想从根本上治疗巧克力囊肿，只有两种办法，第一，切除双侧卵巢，手术过程中会将巧克力囊肿一并切除，因为卵巢是女性的内分泌器官，切除卵巢，激素水平下降，女性就不会再来月经，手术后残存的巧克力囊肿慢慢就会萎缩吸收。

巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。

卵巢囊肿广义上属于卵巢肿瘤的一种，其病理形态多种多样，是最常见的妇科疾病。各个年龄均可患病，但以20~50岁最多见。根据其性质和形态不同可分为：单一型或混合型、一侧性或双侧性、囊性或实质性、良性或恶性，其中以囊性多见，恶性变的程度很高。

一般常用的治疗卵巢巧克力囊肿的手术方式包括了腹腔镜手术以及开腹性手术等两种，相对来说腹腔镜手术治疗过程中造成的创伤小，恢复速度比较快，因此也是比较好的治疗方法。

巧克力囊肿很难治好，卵巢巧克力囊肿通过手术的方式可以治疗，但是由于卵巢巧克力囊肿是因为具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，而引起周期性的出血所造成的。所以巧克力囊肿在术后复发率非常高，为了避免复发，在术后要应用3个月到半年的时间。

巧克力囊肿很难治好。卵巢巧克力囊肿通过手术的方式可以治疗，但是由于卵巢巧克力囊肿是因为具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，而引起周期性的出血所造成的。所以巧克力囊肿在术后复发率非常高，为了避免复发，在术后要应用药物3个月到半年的时间。

巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗（保守性）。迄今为止，除彻底性手术外，尚无一种理想的治疗方法。

对于巧克力囊肿的手术方法，现在可以做腔镜手术，伤口小。手术对女性的创伤是比较大的，是在卵巢巧克力囊肿手术一年后再考虑怀孕。在手术后要注意多休息及加强营养，有利于伤口及身体的恢复。

巧克力囊肿最常见的症状就是痛经，最常用的治疗方式就是药物治疗和手术治疗术后一个月内不要有性生活不要吃辛辣刺激性生冷的食物不要洗盆浴，以纯棉透气好的内裤为主要多注意局部卫生，平时精神压力不要过大多注意休息。