一般来说，宝宝肠炎的治疗要按引起病因的不同，治疗方法不一样。
1.真菌性肠炎，多见于早产儿、体质虚弱的宝宝，大便表现为豆腐渣样大便，所以宝宝肠炎的治疗，要制霉菌素进行抗真菌治疗。
2.宝宝肠炎可能是饮食不洁引起的，容易被大肠杆菌感染，可以吃阿莫西林或蒙脱石散，具有抗感染、止泻等作用。
注意休息，饮食以清淡、易消化为主，尽量不吃辛辣刺激性食物

如果是肠炎，应该到医院检查一下大便常规和血常规，确诊后再治疗，可以选择肛门给药，之后再考虑口服，因为有时肠炎严重的话有可能造成肠道吸收不良，所以会是药物起不到应有作用，另外要多饮白水，不能使他脱水，那样就要打点滴了。

一般没有治疗肠炎最好的药的说法，治疗肠炎吃什么药需要根据具体情况来确定：
如果出现了肠道炎症，要根据具体的原因进行相应的处理。肠炎是由细菌引起的，可以口服诺氟沙星、左氧氟沙星等抗炎药物，同时还可以口服一些具有缓解痢疾的药物，比如盐酸黄连素、复方苯乙哌啶等。
如果是因为暴饮暴食、吃油腻导致的肠道炎症，可以口服一些有助于消化的药物，比如复方鸡内金散、双歧杆菌等。

一般情况下，肠炎结肠炎可以使用饮食调整以及口服药物的方式进行治疗。具体分析如下：
1.饮食调整：通常来讲，建议肠炎结肠炎患者可以适当吃葡萄、菠萝、橘子、菠菜等富含维生素的水果和蔬菜，加速炎症的消散，可以使症状得到缓解，少吃肉类食物。
2.口服药物：除饮食调整外，患者还可口服乳酸菌素片、多酶片等增加肠道有益菌的药物进行改善肠道功能。

慢性直肠炎需要中西医结合来治疗效果比较好。注意饮食的调节，一定要吃容易消化食物，过凉的、过硬的、辛辣刺激的食物都不能吃，主要是管住嘴，再服用中药补气的药。避免受凉，控制情绪外，不进食豆类及豆制品，麦类及面制品，以及大蒜、韭菜、洋山芋、皮蛋、卷心菜、花生、瓜子等易产气食物。

肾阳虚导致的五更泻多见于长期不愈、肾阳亏虚、水液失运、寒湿积滞肠府、外感寒湿之邪、损伤肾阳等因素引起的。具体内容如下：
阳虚不能温，故腹部温喜，常伴有体寒肢冷、脘腹部冷痛等症状。而且，寒湿内敛，肠胃不能很好的消化和吸收，而且在清晨的时候，身体里的阴气比较重，很有可能会拉肚子。故其治法多以补肾温阳，健脾化湿为主，可选用四神丸进行治疗。

一般情况下，早晨五六点钟出现腹痛、腹泻等症状的情况叫做五更泄。具体分析如下：
五更泄是一种常见的中医疾病，主要症状是早晨五六点钟的时候，患者可能会出现腹痛、腹泻的症状，腹泻后腹痛症状会慢慢缓解，同时还会出现腰膝酸软、形寒肢冷等症状。中药认为是脾阳虚、肾阳虚等原因导致的。西医认为这是因为肠胃受寒导致的肠道应激综合症，所以患者要在休息的时候要做好腹部的保护，尽量避免食用辛辣刺激的食品。

通常情况下，五更泄是脾肾阳虚引起的。
五更泄根本原因是病人的天性脾肾阳虚，与此同时与身体怕冷、吃寒食有一定关联。拉肚子一般发生在黎明的时候，又被称为五更泻，与此同时耐低温、耐寒、耐高温的表现。五更泄可根据中药调理改进病症，病人可服用附子理中丸、四神丸、六味地黄丸开展调养，也可内服中药汤剂医治。用药治疗的一起可协同针灸、艾灸等方式，调养实际效果更强。

平时不要吃热性的食物，如辣椒，大蒜，少吃油炸食物，这类食物不容易消化，少吃腌制食物，这些食物可致癌物的，不宜多吃，肠出血或直肠排出粘液，这种直肠炎是由淋病、单纯疱疹或巨细胞病毒引起的，这种直肠炎的症状可伴有强烈的肛门直肠疼痛。中药治疗直肠炎应以健脾补肾、益气除湿为治本之法，清热解毒，活血化瘀为治标之用，辨证施治。